Desde que seu pai foi embora, Lukas vivia com sua mãe e seus amigos na cidade de Matriz, mas ele vê sua vida mudando assim que sua mãe, Júlia, diz que eles irão se mudar para a cidade de Domino City. Lugar onde os Reis de monstros de duelo surgiram e onde Lukas buscará se tornar um deles.

A história trará elementos dos outros Yu-Gi-Oh!s, mas adicionando novos, como as cartas Íons e Maxxinos.